土地使用权转让方式可谓多种多样，地上房屋已经建成，或者已经达到了法律规定的转让条件之后，转让土地使用权或连同地上建筑物一同转让，这是一种典型的土地使用权转让方式，因这种转让方式而发生纠纷的，在司法审判中相对少些。由于法律对于土地使用权的转让行为已不多见，代之以土地使用权作为条件的联建(或参建、合作、股权转让)等变相转让方式。然而这类转让形式比一般意义上的土地使用权转让行为法律关系和具体内容更为复杂，因此也更易产生纠纷。
(一)联建纠纷的表现形式
联建 主要是指两个或两个以上的单位或个人以其资金、实物或土地使用权作为出资，共同建设开发某一房地产项目，并约定在项目竣工后按一定比例分配房屋或分享利润的行为。在实践中，这种联建大多表现为一方出地皮(土地使用权)，一方出资金并负责组织设计、施工、销售等具体工作，而且常常是出地皮的一方没有房地产开发资质。
由于联建涉及到双方或多方的利益分配以及不动产的产权归属问题，并且在联建过程中经常出现需追加投资，房价及利润变化等问题，联建合同也经常需变更或修改，因此在联建过程中的相互配合就显得异常困难，并常常因纠纷而打官司。联建方面的纠纷主要表现在:
1、合同效力纠纷
从所代理的数起联建合同纠纷案来看，几乎近一半的联建协议都是无效的，联建当事人的合作基础一般基于一方只有土地使用权但却没有资金和房地产开发资质，另一方虽有房地产开发资质但却没有廉价或适宜的土地，于是双方便以 联建 的方式，相互 取长补短 。但在实践中，有土地使用权的一方大多是以划拨方式取得的土地使用权，土地用途一般是自建办公用房、厂房或职工宿舍。而联建又往往是以商品房开发的形式出现的。这便构成了对土地用途的改变。而根据法律的规定，改变土地用途，必须经过原批准用地部门的审核批准，否则即为非法。另外， 职共宿舍 和 商品住宅 也不是同一概念。将批准自建的，用于解决本单位职工住房的房屋以商品房的形式向社会出售，也是对土地用途的变更，依法也必须事先经过土地、规划等部门的批准。还有人认为，联建既可以相互 取长补短 ，又可以 合理 地规避一块 土地使用费 ，这是签订无效协议的认识上的原因。根据法律的规定，以土地使用权为条件进行合营、联营、联建、合作建房，或以土地使用权投资入股，均视为土地使用权的转让。同时法律规定，土地使用权的转让必须事先和征得原批准部门的同意，如当初是以划拨方式取得的土地使用权，在转让时，受让方必须补交土地使用权出让金。因此， 联建 不仅不能规避土地使用费，而且常会因这种规避行为不合法而致合同无效。
还有一种情况是一方虽是以出让方式取得土地使用权并交纳了土地使用权出让金，但由于后续资金紧张，无力继续开发而与他方以联建的方式合作开发。但采用这种方式合作，如果不注意完善法律手续，不懂得有关的操作技巧，也会致合同无效。前面已经说过，联建视为土地使用权的转让，而根据法律规定，取得土地使用权后， 属于成片开发土地的，形成工业用地者其他建设用地条件 的，才可转让土地使用权，否则即为非法 炒卖 土地。
如某研究所以国家划拨的土地与某房地产公司合建职工宿舍。宿舍建成后便将安置研究所职工后的剩余房屋以房地产公司的名义公司向社会出售，并许诺售予产权。但房产管理部门以未交纳土地使用权出让金为由拒绝办理产权过户登记，部分购房者便要求退房并赔偿损失，遭拒绝后便将房地产公司告上了法庭。法院经审理后认为房地产公司未取得土地使用权证书，未办理销售许可证，其所签的售房合同是无效的。遂判决支持了原告的诉讼请求，后研究所也被土地部门罚了一笔款。
2、经营决策权纠纷
联建 在本质上应当符合联营的法律特征，即 共同投资、共同经营、共负盈亏、共担风险 。但在实践中，一般情况下是由房地产公司一方负责具体的经营事宜。取得土地使用权的一方往往认为，房地产开发专业性强，只要最后能根据协议分得房屋或利润就行，具体经营没必要多问。但在联建过程中涉及的施工单位的选择、材料的选购、设计方案的变更、成本的核算、抵押贷款、资金的追加、工程的进度、预(销)售等问题，并非仅仅是专业问题。这些问题常常关系到联建双方最终的利润分配。因此若联建一方不能有效地参与联建项目的经营，则不能建立良好的监督制约机制，预期的可得利益可能就难以实现，甚至会招致某些商业风险。如一联建项目，在建设过程中，联建一方未经另一方同意便将在建占用土地的使用权用作贷款抵押，后因债务纠纷，整栋建筑物被查封。
再如:一商品房联建项目，联建双方约定房屋建成后一家一半并制定了分配方案。但在建设过程中，负责组织施工的一方又擅自修改图纸，加盖了一层，并将加盖的一层据为已有。以土地使用权出资的一方觉着吃了亏，要求分享加盖的一层，而房地产公司则认为，加盖的一层完全由已方出资，并未损害对方利益，不同意对方分享。双方协议不成便将官司打到了法院。后经法庭调解，双方达成协议，房地产公司分得了加盖一层的3/5。但因房地产公司擅自违反规划设计方案，后又被规划管理部门罚了一笔款。
3、产权归属纠纷
一般来说，谁拥有土地使用权，谁便拥有在该幅土地上建成房屋的所有权。如前所述，由于许多联建项目没有办理合法的土地使用权转让手续，因此虽然联建协议里规定了建成的房屋后的分配比例，但要真正取得房屋的产权却非常困难。房产管理部门也会因联建双方未办理土地使用权转让手续或未补交土地使用权出让金而拒发房屋所有权让。这不仅会使房屋的产权长期处于一种不确定的状态，而且还会影响到房屋的预、销售工作。取得土地使用权的一方因无房地产开发资质，所以无权以自己的名义而向社会公开销售房屋，而房地产公司因无土地使用权也办不下预(销)售许可证，其也不能合法地对外销售房屋，而不能正常地销售房屋则必将影响到双方利益的实现。这些问题不解决久而久之便会酿成纠纷。
4、利益分配纠纷
利益分配的不均，或利益的难以实现，常常是引发联建纠纷的导火线。有些人认为，只要合同中规定了详细的利益分配上出问题，房子建成后按合同分房子或分利润就行了。其实这个问题并不那么简单。首先必须保证联建合同的合法有效，利益分配方案才可望按合同条款得到执行;其次，即使合同合法有效，在获得利益前的成本核算、追加投资、设计的变更、债务负担、市场风险、销售价格等也都会影响到双方的可得利益。因此，利益分配条款是否能制定得合理合法，是否能够得到有效的执行至关重要。这方面常会因当事人掉以轻心而出纰漏，发生纠纷。