(一)形态和构造上的区别 银杏雌株的苗木表现为茎干矮壮，发芽早，落叶迟的特点；成年树叶片外缘缺刻浅，枝条开张，具层性，长枝比例小，树冠稀疏。雄株则相反。但是，这些细微差别也受到多种因子的影响，有时变得难于辨别，只因方法简便，故也可用作初步判断。
日本学者阪本荣作在检查了大量银杏的雌雄株叶柄后发现，雌树叶柄下方维管束周围有油状空隙，而雄树叶柄则无此构造。所以，叶柄的构造，亦可用于判断银杏植株的性别。
(二)对化学药品的反应有区别 日本学者岩崎文雄，分别用重铬酸钾、硫酸铜、硫酸锌、氯化钾、2，2-二氯丙酸、2，4—D处理银杏叶，结果都是雌树叶子的反应明显。处理的具体方法是：剪取银杏枝条，先在清水中浸2天，取出后再插入0．03％的氯酸钾溶液中，先在黑暗中放两天，而后让其见光，注意不要在阳光下曝晒，并换上清水，一周后雌树枝条上的叶片先开始凋萎，再过几天，雄树枝条上叶片才开始凋萎。
用药物处理判别银杏的雌雄性别，其原理是两者的酶系统有明显的区别，特别是过氧化氢酶的活性有明显的区别。雄树酶活性强，解毒作用也强，所以受害较迟较少。雌树则正好相反。由此可见，除了上述药物，如果使用其他氧化剂处理，有可能也能得到相似的结果。
(三)酶活性和酶谱方面的差别浙江丽水林校测定了雌雄银杏叶片过氧化氢酶的活性，发现雄株明显高于雌株，其活力相差1．4倍以上。
(四)染色体上的区别从遗传学的角度看，银杏雌雄性别的鉴别还是以染色体的测定最为可靠。
银杏的染色体为2N；24，由一对中部着丝点的大染色体、一对小型的中部着丝愕男∪旧 搴褪 孕⌒徒 俗潘康愕男∪旧 逅 槌桑 渲星傲蕉匀旧 寮 嫣濉?br>
李正理和Earl H．Newcomerl956年同时在美国植物学杂志上发表了雌雄银杏染色体有所区别的结论，但具体意见绝然不同。随后30多年，没有人继续作深入研究。这是因为如果利用银杏的茎尖和叶原基作离体处理，染色体既少又长，难以进行染色体研究，假如延长前处理时间，离体的茎尖和叶原基就会死亡。虽然利用银杏的种子胚根作活体处理24—28小时，可以提高分裂指数，缩短染色体长度，但这种方法又不适于用作银杏性染色体的研究。所以，关于银杏的性别，在染色体方面究竟有何种区别，一直得不到正确的回答。
1992年，中国南开大学生物系陈瑞阳等，对选用的30年生雌雄银杏植株的根尖，通过0．2％秋水仙碱离体处理4—5小时，获得了比较理想的银杏染色体。利用去壁低渗法(Chenet al．，1979)制取染色体标本，采用Li和Chen的方法作核型分析，利用GiemsaC—带和Ag—染色技术对银杏染色体重新作深入研究，发现银杏的性别决定机制为WZ型，维性为2n=24＝22A十ZZ ，雌性为2n＝24＝22A十WZ。雌树一对近臂大染色体为异型染色体，其中一条短臂顶端具大而明显的髓体和NOR区(Z染色体)，而雄树全部为同型染色体，一对入染色体为近等染色体，短臂顶端具有一对相同的小随体和NOR区，其形态与雌树中的一条大染色体(Z染色体)完全相同。陈瑞阳先生同时发现，银杏性染色体与NOR区同处一条染色体上，所以，其雌雄株的核仁组织区分别为W—NOR区和Z-NOR区。这与昆虫界和鸟类等动物所具有的性别决定机制相似，在植物中实属罕见，现有报道中只有草莓和木麻黄属于这种类型。由此可见，对于银杏染色体的深入研究，还一定能为生物学的研究提供很多新信息。
(五)体内有机养分的区别江苏农学院园艺系陈鹏等1991年研究了银杏枝、叶、花器内还原糖含量的年变化规律，发现5月份雌株叶内，还原糖含量明显高于雄株；而8—9月份，雄株叶内的还原糖含量又高于雌株，为此，有人提出能否利用叶内还原糖含量的高低来判别银杏的性别。叶内还原糖方面的这种差别，有可能是雌雄株有机养分的积累与消耗尤其是消耗高峰期有所不同的反映。银杏幼树是否真正存在这种规律，还需作深入研究。即使存在这种规律性，也正如作者所说的，尚须找到雌雄株的区分界限。所以，能否利用体内有机养分含量的差别，来确定银杏的雌雄性别，还需要作进一步研究。