云南独特的气候和地理环境，使它能供种类繁多的野生动物栖息。按气候划分，既有热带、亚热带、温带的动物，也有寒带的动物；按植被类型划分，既有高山森林、草甸种类，又有河谷、平原种类，形成了寒温热带动物均有，动物种类南北东西交汇的奇特现象，被誉为“动物王国”。云南拥有脊推动物1737种，占全国种类的58.9%；国内见于名录的昆虫2.5万种，云南有1万多种。在脊椎动物中，兽类有300种，占全国种数的51.1%；鸟类有793种，占63.7%；爬行类143种，占37.6%；两栖类102种，占46.4%；淡水鱼类366种，占45.7%。 西部横断山区自中生代以来，地质运动相对稳定，基本上无大面积冰川覆盖，成为许多动物的“避难所”，使一些古老的原始种类和孑遗物种得以保存下来，成为不可多得的“野生动物物种基因库”。许多野生动物为云南所仅有，如鱼类中有5科40属249种为云南特有。野牛、野象、印支虎、滇金丝猴、蜂猴、长臂猿、白尾梢虹雉、犀鸟等46种为国家一级保护动物；列为国家二级保护动物的有猕猴、熊猴、灰叶猴、小熊猫、蟒、穿山甲、麝、绿孔雀等154种。此外，还有大量小型珍稀种类
云南黄果 冷杉 长苞冷杉 怒江冷杉 顶果木 贡山猕猴桃 云南七叶树 黄豆树 长蕊木兰 长柄油丹 阴生桫椤 桫椤 高阿丁枫 云南穗花杉 榆绿木 团花 箭毒木蜒 土沉香 野树菠萝 滇菠萝蜜 西南桦 云南玉蕊 节蒴木 苏铁蕨 伯乐树 心叶蚬木 蚬木 紫铆树 苏木 直立省藤 翠柏 云南显脉金花茶 云南山茶花 野茶树 猴子木 东京山核桃 董棕 滇楸 川油朴 海南粗榧 贡山三尖杉 云南樱花 冬樱花 毛麻楝 云南樟 毛叶樟 滇榛 滇桐 隐翼 宽叶苏铁 多歧苏铁 攀枝花苏铁 篦齿苏铁 云南苏铁 南盘江苏铁 大果青冈 黑黄檀 珙桐 光叶珙桐 巨龙竹 大鱼藤树 云南假鹰爪 牛筋条 五桠果 小花五桠果 大花五桠果 野龙眼 云南龙脑香 羯布罗香 海南龙血树 剑叶龙血树 八宝树 梭子果 香果树 杜仲 高山榕 菩提树 云南梧桐 福建柏 大果藤黄 银杏 水松 云南石梓 白菊木 马蛋果 心叶树 小果调羹树 假山龙眼 云南沙棘 老挝天料木 光叶天料木 毛坡垒 琴叶风吹楠 滇南风吹楠 旱地油杉 小叶红光树 云南蕊木 西南紫薇 怒江落叶松 鹅掌楸 野荔枝 滇藏木兰 思茅玉兰 馨香木兰 厚朴 林生杧果 香木莲 大果木莲 红花木莲 大叶木莲 华盖木 铁力木 香籽含笑 壮丽含笑 绒叶含笑 云南含笑 壳菜果 山韶子 栌菊木 毛叶紫树 屏边红豆 云南红豆 云南拟单性木兰 合果木（山桂花） 望天树 山红树 油麦吊云杉 乔松 清香木 长叶竹柏 大理罗汉松 鸡毛松 百日青 绒毛番龙眼 澜沧黄杉 黄杉 勐仑翅子树 云南翅子树 白辛树 筇竹 萝芙木 木瓜红 兰果杜鹃 马缨花 金山长梗杜鹃 大树杜鹃 红马银花 滇南红花荷 马尾树 无忧花 云南娑罗双 白桫椤 短柄苹婆 秃杉 南方红豆杉 云南红豆杉 油榄仁 千果榄仁 四数木 华椴 龙棕 贡山棕榈 三棱栎 红椿 丽江铁杉 石笔木 广西青梅 榉树 任木 大果枣