就目前而言，光波炉的危害相比普通电器的危害降低了不少，但是并不等于没有危害，只是相对有所减少而已，危害仍然存在。
1. 食用光波食品会导致胃和肠癌的发生率升高，同时会有身体各部分组织功能的降低，消化和排泄系统功能也会降低。
2. 光波食品会产生新的有毒甚至致癌的化合物，除了有致癌物之外，它还产生一堆不能为身体所吸收利用的不知名副产品，这种副产品，是长期而永久性残存于人体内的。
3. 光波炉烹煮的食物中的矿物质，维生素及营养大量减少，可能改变成致癌物及破坏人体的自由基， 以及许多不能被身体所分解的合成物。
4. 光波炉食物它破坏脑组织。脑的传播是靠磁波，光波炉处理过的食物，如长期食用，会中和脑磁波，使脑退化，磁波短路，此为长期副作用。
5. 长期食用光波食物，使男女荷尔蒙分泌量降低或改变。
6. 长期摄取光波食物，由于其中营养已被破坏，食物成分的化学物质发生改变，淋巴系统将会发生问题，免疫系统随之功能降低，从而抵抗力下降。
7. 光波食品导致的体内代谢不稳定性，会导致消化系统失调。
8. 使用光波加热肉类会降低有效蛋白分子化合物的稳定性，附带效应产生附近空气中的放射污染，在牛奶和谷类中产生致癌因子。
9. 长期食用光波食物，将使记忆退化，精神不集中，情绪不稳定，且理解力降低。光波炉会直接导致食物的分子形成一种新的生命形式叫做辐射分解成分，这种东西在天然食物中并未发现。
10. 食用光波食品之后，白血球显著增加，这说明了一些十分有害的东西已经产生，比如中毒就会如此。另外吃了光波食品之后，胆固醇的浓度会升高。