棚户区改造尽管由来已久，但是大规模的棚户区改造还是始于2005年以后，特别是2008年中央重新启动安居工程以来，棚户区改造已经成为城市政府重要的民生工程、民心工程。由于全国各个城市的具体情况不同，所以在具体实施和运作过程中又体现出一些不同的特点，并形成了棚户区改造的不同模式。
1.推动资源枯竭型城市转型的阜新模式。阜新市全市棚户区面积为387万平方米，其中5万平方米以上的集中连片棚户区283万平方米。棚户区户数占市区总户数的28.68%，人口占市区总人口的28.98%，居住在棚户区的居民绝大多数都是低收入困难人群，低保户和低保边缘户高达75%。2005年，阜新市被列入辽宁省棚户区改造计划的房屋建筑面积221万平方米，涉及居民81820户、22.66万人，到2006年底就已经有85%的拆迁户入住新居。回迁中，阜新市按原面积每平方米120元结算结构差，合理超面积部分按每平方米650元购买，超过合理面积部分按每平方米1100元购买。从而使绝大多数居民经过棚户区改造后，不但改善了居住环境和居住质量还拥有了价值数万元的房屋资产。阜新市棚户区改造过程中，还以土地置换为依托，大力调整产业结构，突出发展现代农业、现代服务业，优化工业结构。引进了双汇、伊利等农业产业化企业，培育发展了资讯、旅游、社区服务等服务业，扶持和发展了科技含量较高的电子化工等工业企业，因地制宜发展了一些劳动密集型企业。阜新市的棚户区改造将资源枯竭型城市转型作为重要切入点，为资源枯竭型城市转型探索了一条路子。
2.以健全住房保障为先导的长沙模式。2009年，长沙市政府按照中央关于实施安居工程的精神做出决定，计划用3年时间，基本完成二环线以内约730万平方米的成片棚户区改造任务，使目前住在这里的6万户、20万人口的居住和生活条件明显改善。并计划在2009年力争年内完成棚户区拆迁200万平方米，完成安置棚户区拆迁户的6000户经济适用住房货币补贴发放和7000套廉租住房的建设任务。与许多城市的棚户区改造不同，长沙市是按照“一健”、“三改”，即健全住房保障体系，改革制度、改造房屋、改善环境的思路，以住房保障制度改革为切人点来推进棚户区改造。2008年，长沙市就推出了经济适用房货币补贴的改革尝试：向低收入无房户，每户发给货币补贴8万元；低收入住房困难户每户5万元；对改制企业职工，过去没有享受房改政策的，每户增加补贴2万元。在未来3年的棚户区改造中长沙市决定：一方面，通过廉租住房来安置那些符合享受住房保障条件的拆迁户；另一方面，对所有棚户区的原住户将继续推行并不断完善经济适用房货币补贴的保障方式，变以往的“补砖头”为“补人头”。
3.变商业开发为政府主导的哈尔滨模式。在一些大城市，随着近些年土地价格的上升，如果政府将棚户区的土地以商业开发的方式运作，不但可以得到十分可观的土地出让金和税费收入，又能省去许多麻烦。但是哈尔滨市政府却没有这样做，他们认为，这样一来棚户区居民得不到实惠不说，还会加重他们的住房负担。于是便采取了变商业开发为政府主导的棚户区改造模式。在政府主导下，他们对棚户区改造进行了统筹规划，并经过测算后宣布了拆迁政策：选择回迁安置的可以事先选好面积户型，在拆迁面积以内的实行“拆一还一”，一分钱不用掏；超出拆迁面积10平方米以内的，只需支付1000元/平方米左右的建安成本；超出10平方米以上、20平方米以下的，加付综合配套成本，每平方米房价也不超过2000元。如果选择异地安置，在拿补贴的同时，还能以优惠价格购买其他地方的保障性住房。2008年全市实际筹集棚改资金16.51亿元，而投入使用资金量达到17.63亿元。政府通过财政投入、招商引资和银行融资，先后筹得资金25亿元，这些资金到约定偿还期，光是支付利息就需要2.12亿元。这就是说，棚户区改造中政府不但不赚钱，还要拿出一定的补贴。
以上三种棚户区改造模式各有特点：阜新模式将棚户区改造与推动城市经济转型结合起来，实际上是从更大的视角将棚户区改造与保障和改善民生统一了起来；长沙模式是在改革和健全住房保障制度的基础上得以展开的，表明改造与改革是分不开的，只有通过体制、机制和制度的改革创新，才能推进棚户区改造的顺利进行；哈尔滨模式充分显示出政府的作用，棚户区改造原本就应当是政府实施的一项惠民工程，政府不但不能从中渔利，甚至还要从财政拿出钱来予以补贴。上述几种模式，从不同角度为搞好棚户区改造提供了有益的借鉴。