目前，我国涉及农村集体土地的性质与使用权流转有关的法律主要有《宪法》、《民法》、《村民委员会组织法》以及一部专门的《土地管理法》，但是这些有关农村集体土地流转的法律仍然无法解决现实中建设用地流转存在的问题：
(一)现行法律制约问题
1、现实中集体建设用地使用权流转与现行法律规定冲突。《中华人民共和国土地管理法》第43条规定：“任何单位和个人进行建设需要使用土地的，都必须依法申请使用国有土地。但本集体经济组织成员使用本集体经济组织土地办企业或建住房除外” 同时，该法第63条规定：“集体土地使用权不得出让、转让或出租用于非农业建设。但是，符合土地利用总体规划并依法取得建设土地的企业，因破产、兼并等情形致使土地使用权依法发生转移的除外”。按照前述规定，集体经济组织成员可以使用本集体经济组织的土地办企业或建住房，但不得出让、转让、出租，因此集体建设用地使用权流转在法律上是被禁止的，农村集体建设用地使用权流转的现实情况与现行法律的规定发生明显冲突。
2、法律上虽规定了集体建设用地使用权流转的特殊情形，但缺乏相应的规定。如《物权法》第183条规定：“乡镇、村企业的建设用地使用权不得单独抵押。以乡镇、村企业的厂房等建筑物抵押的，其占用范围内的建设用地使用权一并抵押。”既然允许这部分集体建设用地使用权抵押，那么一旦抵押权实现，就会出现集体建设用地使用权发生转移的现象。但对于因实现抵押权而发生转移的建设用地使用权应如何处置、受让主体是否有限制等法律并没有明确。同时针对《土地管理法》第63条的规定，实践中没有任何关于此情形下建设用地使用权发生转移时的具体操作性规定。
(二)产权制度上的问题
城乡分割的二元土地制度及农地产权的界定不清，极大限制了农村建设用地的流转，并导致了一系列违背法律与政策初衷的社会经济后果。我国现行的土地法律制度来看，实行的是城市土地国家所有和农村土地集体所有的二元土地制度。长期以来，我国《宪法》、 《土地管理法》以及其它土地管理法规对这两种土地所有权是作了不同规定的，尤其是在两种土地使用权方面，国家土地使用权和集体土地使用权存在很大的区别。按照《土地管理法》规定，国有土地使用权可以出让、转让、出租、抵押，即法律按不动产用益物权的模式设计运作;但对集体建设用地使用权来说，则不能享有用益物权的处分权能，权利人只有在出资、入股、联营等特定情况下才能发生权利转让，原则上集体建设用地使用权不能出让、转让、出租和抵押。同时，现行农地制度还存在产权模糊、所有权主体虚位的问题。现行的农村土地制度，虽然明确规定土地归集体所有，即集体拥有产权，但是集体指向不明确，究竟谁是农村集体土地所有权的代表模糊不清。乡镇政府、村委会、村民小组及农民个人都享有土地的某一方面权能，但都不是所有权主体。有的地方为解决土地产权主体不明确或权属来源不清、权属界限不明的问题时，为方便组织管理将村民小组集体或乡镇农民集体所有的土地所有权确定为村农民集体所有，从而造成了土地产权关系的混乱。
(三)相关利益冲突问题
目前农村建设用地流转中最突出的问题是农民、集体和地方政府三者围绕土地增值所引发的利益冲突。随着农村建设用地的流转，由于土地的功能已经从传统的“生产”功能向“资产”功能转变，工业化城市化进程中的土地需求，把农民集体土地产权和农民利益的矛盾在制度层面上凸现出来。
1、地方政府凭借“公共权力”获取了农村建设用地流转增值的大部分。由于中央政府严格的土地管制、审批程序、土地监管和财税政策约束，地方政府土地征用成本的增加客观上推动了集体建设用地的流转。对于开发商即土地使用者而言，征地预批和报批手续繁琐且时间成本大，迫使他们愿意直接从集体手中取得土地。集体建设用地使用权流转可以回避征地的复杂程序、不受“用地指标”的约束，很大程度上已经是对土地征用制度的一种替代，地方政府凭借“公共权力”在农村建设用地流转中直接参与土地流转收益的分配。因此，农村建设用地流转的最大收益主体是地方政府。
2、农民在农村建设用地流转中的收益和其拥有的土地权利不对称。作为土地所有者和土地使用者双重身份的农民，其权益在农村建设用地流转中并没有完全实现。无论是作为所有者的村农民集体还是范围更小的村民小组农民集体，都缺乏对管理者的有效约束机制。因此农民作为农民集体的成员，难以保障从集体建设用地使用权流转中获得相应的收益。
3、农村集体组织的“管理者”作为分利集团获取了农村建设用地流转的巨大收益。经营管理农村土地的基层组织在土地增值的驱使下，已经成为农村集体建设用地使用权流转的主要推动者和既得利益者。最终农村土地流动的利益主体和集体土地流转的最终受益者是“乡、村”级基层组织。他们既是“集体所有权”的代表者，又是联系地方政府掌握上级政策的信息优势方，最终成为农村建设用地流转的主体。作为集体土地所有权的管理者掌握着集体土地所有者所享有的大部分增值。