虽然，壁挂式马桶有着非常多的优点，但是它也有着过多的缺陷，影响到人们的对它的选择和正常使用。
首先，壁挂式马桶是非常昂贵的，并不是所有的消费者都能接受得了它的价格。一台普通的壁挂式马桶要比普通的坐便马桶的价格要贵上一倍左右。由于其价格昂贵，所以，令很多消费者望而却步。 其次，壁挂式马桶的安装也是非常复杂的。因为壁挂式马桶的安装要考虑到美观和简约的因素，还要讲究个性。因此，难度比较大。壁挂式马桶的安装，还要将水箱与马桶进行分隔，并且在安装的时候，要首先预留水箱的位置，而且，水箱的位置一般都是预留在墙壁内部的，这就使得壁挂式马桶的安装过于复杂。