现在市场上最新的坐便器的冲水原理基本是直冲式和虹吸式两种大类。虹吸式中又分旋涡式虹吸和喷射式虹吸。
直冲式坐便器是利用水流的冲力来排出便便，一般池壁较陡，存水面积较小，这样水力集中，便圈周围的落下的水力加大，冲污效率高。
优点：直冲式坐便器冲水管路简单，路径短，管径粗（一般直径在9至10厘米），利用水的重力加速度就可以把便便冲干净，冲水的过程短，与虹吸式相比从冲污能力上来说，直冲式座便器没有返水弯采取直冲，容易冲下较大的污物，在冲刷过程中不容易造成堵塞，卫生间里不用备置纸篓。从节水方面来说，也比虹吸式坐便器好。
缺点：直冲式坐便器最大的缺陷就是冲水声大，还有由于存水面较小，易出现结垢现象，防臭功能也不如虹吸式座便器，另外，直冲式坐便器目 前在市场上品种比较少，选择面不如虹吸式座便器大。
虹吸式坐便器的结构是排水管道呈“∽”型，在排水管道充满水后会产生一定的水位差，借冲洗水在便器内的排污管内产生的吸力将便便排走，由于虹吸式坐便器冲排不是借助水流冲力，所以池内存水面较大，冲水噪音较小。虹吸式坐便器还分为旋涡式虹吸、喷射式虹吸两种。
（1）旋涡式虹吸
这种坐便器冲水口设于坐便器底部的一侧，冲水时水流沿池壁形成旋涡，这样会加大水流对池壁的冲洗力度，也加大了虹吸作用的吸力，更利于将马桶内的脏东西排出。
（2）喷射式虹吸
在虹吸式坐便器上做了进一步改进，在马桶内底部增加一个喷射副道，对准排污口的中心，冲水时，水一部分从便圈周围的布水孔流出，一部分由喷射口喷出，这种坐便器是在虹吸的基础上借助较大的水流冲力，将污物快速冲走。
优点：虹吸式坐便器的最大优点就是冲水噪音小，称之为静音。从冲污能力上来说，虹吸式容易冲掉黏附在马桶表面的污物，因为虹吸的存水较高，防臭效果优于直冲式，现 在市场上虹吸式坐便器品种繁多，买坐便器会有更多的选择余地。
缺点：虹吸式坐便器冲水时先要放水至很高的水面，然后才将污物冲下去，所以要具备一定水量才可达到冲净的目的，每次至少要用8升至9升水，相对来说比较费水。 虹吸式的排水管径也就5、6公分左右，冲水时容易堵塞，所以手纸不能直接扔在马桶里中，安装虹吸式坐便器一般还要配备纸篓和搋子。