这是两种不同的材料，应该各有各的优点。
陶瓷是无机材料，优点是硬度高，性能稳定，耐用性非常好，缺点是容易碎，而且由于制作时会加入增白剂“硅酸锆”，而这是一种放射性元素，对人体有辐射，选择时一定要注意选择大品牌的产品，这样往往更有保障。目前市场上绝大多数马桶都是陶瓷的，说明这种东西还是比较普遍。陶瓷马桶做的好的国际品牌有TOTO、美标、科勒、乐家等，国内有箭牌、恒洁、东鹏等
亚克力马桶是用亚克力材料制作的，这种材料是有机材料，特点是色彩丰富，不吸水，而且对人体没有辐射，是一种健康环保的产品，缺点是表面硬度没有陶瓷高，而且由于材料本身贵，所以产品价格也比较贵。目前国内做的较好的品牌有帝王和南希卫浴。