1999年辖15镇、1地区办事处、6个乡，463个村：良乡镇、周口店镇、城关街道[1]、琉璃河镇、燕山地区、十渡镇、大石窝镇、长阳镇、青龙湖镇、阎村镇、窦店镇、河北镇、长沟镇、韩村河镇、张坊镇、石楼镇、佛子庄乡、大安山乡、霞云岭乡、史家营乡、蒲洼乡、南窖乡。
2000年，房山区总人口814367人，各乡镇（街道）人口： 城关街道 80746 新镇街道 9794 、燕山地区的粟园街道 3578 、向阳街道 12397 、东风街道 25786、 迎风街道 33406 、星城街道 21960 、良乡镇 93486 、周口店镇 39877 、琉璃河镇 37936、 阎村镇30679、 交道镇20280、 窦店镇 25046、 石楼镇 29468 、长阳镇 28081、 坨里镇22276、 河北镇 25267、 长沟镇 25452 、南尚乐镇 37919 、张坊镇 21043 、十渡镇 12072、 韩村河镇 16122 、青龙湖镇 21771、 官道镇17459 、东南召镇 15844 、岳各庄镇 22901 、葫芦垡乡 9457、 窑上乡9056 、霞云岭乡 10316 、南窖乡 5922 、佛子庄乡 13895 、大安山乡 12843 、史家营乡 17978、 蒲洼乡 4254 。（根据第五次人口普查数据；单位：人）
2002年，房山区辖7个街道、4个地区、11个镇、6个乡：[1]、新镇街道、栗园街道、向阳街道、东风街道、迎风街道、星城街道；燕山地区、良乡地区、周口店地区、琉璃河地区；阎村镇、窦店镇、石楼镇、长阳镇、河北镇、长沟镇、大石窝镇、张坊镇、十渡镇、青龙湖镇、韩村河镇；霞云岭乡、南窖乡、佛子庄乡、大安山乡、史家营乡、蒲洼乡。
2005年初，房山区辖6个街道（城关街道[1]、东风街道、向阳街道、迎风街道、新镇街道、星城街道）、4个地区（燕山地区、良乡地区、琉璃河地区、周口店地区）、11个镇（长阳镇、阎村镇、窦店镇、韩村河镇、石楼镇、长沟镇、大石窝镇、张坊镇、十渡镇、青龙湖镇、河北镇）、6个乡（佛子庄乡、大安山乡、史家营乡、南窖乡、霞云岭乡、蒲洼乡）。
截止2012年4月，房山区辖8个街道，11个镇，4个地区，6个乡。分别为：拱辰街道、西潞街道、城关街道、新镇街道、迎风街道、东风街道、向阳街道、星城街道（迎风、东风、向阳、星城四个街道由燕山办事处管理），长阳镇、阎村镇、窦店镇、石楼镇、河北镇、长沟镇、韩村河镇、大石窝镇、张坊镇、十渡镇、青龙湖镇，燕山地区、周口店地区、琉璃河地区、良乡地区，霞云岭乡、佛子庄乡、大安山乡、南窖乡、史家营乡、蒲洼乡。