产权是一样的，商品房可以拿到红本，而经济适用房是只有绿本
经济适用房是指具有社会保障性质的商品住宅，具有经济性和适用性的特点。经济性是指住宅价格相对于市场价格比较适中，能够适应中低收入家庭的承受能力；适用性是指在住房设计及其建筑标准上强调住房的使用效果，而非建筑标准。 经济适用房是国家为解决中低收人家庭住房问题而修建的普通住房，这类住宅因减免了工程报建中的部分费用，其成本略低于普通商品房，故又称为经济适用房。
商品房
完整的房屋所有权包括四个部分：房屋使用权、占有权、处置权和收益权。普通商品房的产权证书拥有全部的这四项权利，在不违反法律规定的情况下，可以自由的转让、出租或赠与，不受任何单位或个人的限制和干涉，其收益全部归个人所有，购买人除税费外不需要交其他的费用。
经济适用房
国家为照顾中低收入居民购房而实施优惠措施，建造经济适用房所用的土地是国家以划拨方式无偿给开发商使用的，这就是经济适用房价格低的主要原因。根据北京市的规定：职工个人购买的经济适用房，房屋产权归职工个人所有，已取得合法产权证书，即可依法进入二级市场上市交易。上市后，其收益全部归个人所有。这就是说，经济适用房的产权证书所拥有的权利和普通商品房基本一样，惟一不同的是，经济适用房在出售时，购买人要按经济适用房所在地标定地价的10％交纳土地出让金，没有标定地价的，土地出让金的价款暂按房屋售价的3％交纳。这样，在办理完产权过户手续后，购买人所得到的就是普通商品房的产权证书，再次交易的时候，就无需交纳土地出让金了。