硅藻泥的缺点：
施工难度比较大；
价格贵；
差的硅藻泥还容易掉很多粉。
硅藻泥可以完成个性化的复杂肌理制作，因为它是“固体”可以定型，而不是像“液体”一般无法固定形状。但换一个角度来看，这其实也是一个缺点，如果要求如乳胶漆一般表面平整光滑，硅藻泥是无法实现的。
硅藻泥的耐沾污能力与部分专业乳胶漆和瓷砖相比，还是有一定差距的。一般，耐沾污效果好的乳胶漆可以做到普通污渍无法浸透，用湿抹布在表面擦拭即可清理干净，瓷砖表面有釉面保护，这方面的功能更强。但硅藻泥因为表面多孔结构的存在，如果是普通灰尘或泥土还比较容易清理，但遇到一些渗透性强的污渍，尤其是液体性的，很可能会因渗透过深而留下不可逆转的“疤痕”。
硅藻泥和乳胶漆不能说哪个更好，各有自己的用途和优点。
乳胶漆是乳胶涂料的俗称，诞生于二十世纪七十年代中下期，是以丙烯酸酯共聚乳液为代表的一大类合成树脂乳液涂料。乳胶漆是水分散性涂料，它 是以合成树脂乳液为基料，填料经过研磨分散后加入各种助剂精制而成的涂料。乳胶漆具备了与传统墙面涂料不同的众多优点，如易于涂刷、干燥迅速、漆膜耐水、耐擦洗性好等。在我国，人们习惯上把合成树脂乳液为基料，以水为分散介质，加入颜料、填料（亦称体质颜料）和助剂，经一定工艺过程制成的涂料，叫做乳胶漆，也叫乳胶涂料。
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