树桩修剪可控制树木生长，保持矮性，促使分枝并使叶片密集，达到大树变小，小中寓大的艺术效果。同时，修剪又是保证桩景植物在盆土少，水肥受限制的条件下正常地生长发育、开花结果（指花果盆景）、老而不衰的重要措施。一般落叶树种（如榆树、雀梅、三角枫等）一年四季均可修剪，但以落叶后发芽前为宜，因为此时树上无叶，可以看清树枝长势，便于操作。对观花盆景植物，当年新枝上开花的（如花石榴），宜在发芽前修剪，多年生枝条上开花的（如梅花）宜在花开过后修剪。生长缓慢的常绿树，宜在冬季修剪；松类植物由于剪后易流松脂，宜在冬季晴天中午修剪。
一、疏剪，即将枝条从基部剪除。通过疏剪，树桩通风透光好，营养供应集中，生长旺盛。幼树及早疏剪，可有利于正常发育生长；整形时疏剪，可使留下的造型枝条得到充足的营养，加速成型；成型的树桩盆景，通过疏剪，可起平衡营养的作用，使之老而不衰。
疏剪时第一要剪除病虫枝，并立即烧毁，以防止病虫害蔓延。其次，要把有碍美观的枝条及时剪除。一般两条相距很近的平行枝，要剪除一条，叠生枝、对生枝都要剪除一条；轮生枝只保留一条，其余全部剪除；徒长枝、主枝上发出的直立枝、下垂枝、反向枝都应剪除。丫杈枝、交叉枝应剪除一杈枝，萌芽力强的树种上萌发的小枝，除缺枝部位留下一枝慢慢诱导补枝外，都要及早全部剪除，以免消耗养分，影响树势。桩景中的枝条疏剪，还要服从艺术造型的要求。凡是不符合造型要求的多余枝要全部剪除。
二、短剪，即将长枝短截，刺激剪口下的腋芽萌发，形成较强的侧枝，从而达到促其分枝，便于造型的目的。
在整形中，将多余的枝条疏剪后，就要对留下的造型枝短剪，促使造型枝一年萌发2到3次芽。发一次芽进行一次短剪，就会迅速增加造型枝的分枝级数，并能使每级枝序缩得很短，不拉长枝条。因此，短剪是树桩盆景控制生长，保持矮性的有效措施，又是树桩具有大树形态，及早成型的重要手段。
三、缩剪，即对多年生的枝条进行回缩修剪，它是缩小大树的有力措施，也是促使萌芽新枝，恢复树势的重要手段。
对树桩姿态较好，但树冠大，主枝长的桩景植物来说，单靠对一年生枝的短剪和疏剪是无法达到桩景造型要求的，通过缩剪，可使大树变小，有利于桩景造型；对某些萌芽力强的树种，缩剪量可大些，即修光枝叶，仅保留树桩的骨架，以刺激剪口下萌发新枝。