1.物理过滤
这是过滤的一种必要形式，可将水里的悬浮粒子从水中分离出来并清除掉。大多数过滤器的过滤器材均能在某种程度上对水体进行物理过滤。物理过滤滤材（如滤水绵）效果非常好，可迅速隔离水中悬浮物质，使水质澄清。
2.化学过滤
主要起到控制和稳定水质的作用。化学过滤器材可除去水中的含氮成分，消除疾病处理后残留的药物，吸附和沉淀重金属离子，调节硬度和PH值等（关于水质的各种特性可以使用各种基本的实验工具检测得到）。各种市售的化学过滤滤材（如活性炭和树脂）可直接运用于化学过滤系统。为观赏鱼和植物提供优良的生活环境。
3.生物过滤
此种过滤是过滤系统的重要组成部分。近些年来，生物过滤的重要性越来越受到人们的重视，也是各国研究和开发的重点。
在水族箱里，生物的生长过程会产生大量氮代谢产物，其中对鱼类有害作用的代谢物有氨和亚硝酸盐，养殖过程中我们必须将其清除或转化成无毒成分，但物理和化学过滤都无法达到此要求。只有应用生态平衡原理，通过生物过滤作用将有毒废物降解。用于生物过滤的菌种主要有硝化细菌，光合细菌等。关于这两种细菌在这里就不做详细描述了。
罗汉鱼是一种吃得多，排得多的鱼，缸内过滤效果有限，而桶形过滤清洁麻烦。缸顶过滤有足够过滤的空间，结构也比较简单，在过滤和清洁管理上容易达到效果。缸顶过滤的材料有物理过滤，化学过滤和生物过滤。以缸顶过滤来说，这三种滤材摆放次序一般是前三层是海绵物理过滤，第四层是化学过滤，第五层是生物过滤。
在清洁过滤系统时我们只洗擦前三层过滤，因为过滤不当是物理过滤或化学过滤，还涉及生物过滤，而且生物过滤在整个过滤系统中起到了十分重要的作用，而我们清洗的目的只是要把过滤器中多余的粪便和废物清除掉，但要注意不能把附植在过滤器中的硝化细菌洗掉，因此我们在清洗时，只清洗前三层，千万不要清洗所以材料，以免把大量硝化细菌清洗掉，影响系统里的生物过滤平衡