一般在秋季落叶后进行修剪，要将徒长枝、干枯枝、下垂枝、病虫枝、纤细枝和内生枝剪掉，幼树期还应及时将植株主干下部的侧生枝剪去，以使主干上部能得到充足的养分，形成良好的树冠。由于百日红的萌芽力很弱，如果不通过修剪来刺激，是很难萌发的，所以百日红的修剪直接关系到花量的多少。不进行修剪，萌发新枝就不多，就不能繁花满树。
百日红耐修剪，在春天萌芽前先将细弱枝、过密枝剪去，同时把其它的当年生枝条留2~3厘米短截。春季萌芽后，在新梢长至10厘米长时要进行1次摘梢，只留基部2~3只芽，不久即会长出2~3个分枝，当分枝长出6~7片叶时再进行1次摘梢，可控制树形，促发分枝多开花，但开花的花序要小些。摘梢后长出的叶片会变小，可提高观赏价值。 百日红的花序开在枝条的顶端，当第1批花开放后，应剪去残花。在追施肥料后，生长一个阶段又可开花。