随着野生灵芝资源的过度开采，目前真正的野生灵芝已经越来越稀少，许多菌种还面临灭绝的危机。目前，虽然国内兴起了一波灵芝人工栽的热潮，但由于其先天的缺陷，人工栽培灵芝只是得其形而失其实，药用效果远远不能和野生灵芝相媲美。因为大自然的有大自然的规律，灵芝作为天然的产物，天然的环境不是人工可以复制的，具体来说：
1，品种：
人工栽培的灵芝品种从规模来说，赤芝与紫芝是目前较多的人工品种，其它的品种由于少有研究，如结构复杂、药理作用强烈的平盖灵芝、松针层孔菌等多年生菌种，尚少有人工大规模种植开发，不过随着科技的发达，其它品种的人工种植开发也并非难事！
2，菌种退化，药效一代不如一代
一般的农作物都在连耕连作（在农业生产上是忌连作的）后，品种就会退化，病毒病易发，再也难以种植发展相同的品种！我国灵芝的故乡，但目前我国灵芝产业中所用的菌种存在着严重的品种退化及质量下降等问题。现在品质较高的灵芝种大多依靠从日本、韩国引进，且数年后同样会退化，这与我国灵芝大国的地位极不匹配。
野生灵芝通过担孢子来繁殖，灵芝孢子有四种性别：a1、a2、b1、b2，只有a、b两类不同性别的孢子（a1和b2、a2、和b2）交配才能长出子实体，这是大自然忧胜劣汰规律的体现，也保证了忧质灵芝菌种的繁衍。而人工栽培灵芝大多采用无性繁殖，即通过菌丝体的分裂一培植菌种，再将菌丝体分割，再次培育更多的菌捉，其间不需要交配过程。一代代的无性繁殖下去，就像人类近亲结婚一样，必然导致菌种的退化。
而有的人工灵芝都是以工业的方法来发酵培养菌种的，搞不好易诱发各类疾病！
3、生长周期短，自然累积程度不够
灵芝的质量与品质依靠生长期、环境、温度、湿度、品种等多种因素来完成。生度期限越长，有效期成分越高，故有千年灵芝一说。灵芝的有效成分同生长期是按几何数增长的，现在市场上以人工栽培灵芝为主。
野生赤灵芝实体的生长周期约9-10个月左右，平盖灵芝的生长期更长，原始森林中常有几十年、上百年的灵芝出现。而袋料栽培的人工赤芝采用化肥培养基，到成熟只需要30天，段木栽培也仅仅三个月左右，导致人工灵芝的药物有效成分累及量低，无法达到理想的疗效。
人工栽培灵芝的生长期很短，加上菌种的病毒感染，同一菌种多次接种，农药的大量使用，基料的变化等，使目前的人工栽培灵芝往往是具有其形而无其质，比如，灵芝抗肿瘤延衰老，得高免疫最重要的成分为有机锗，在栽培灵芝中就不含有，多糖含量也只有野生的1/3左右。药理活性很强的灵芝酸含量很低，各种微量元素差异很大，各种有效成分的活性极低。如我国用板蓝根治疗感冒、肝炎等多种疾病已是家喻户晓，然而近年来不少病人和医护人员反映，服了板蓝根冲剂没什么药效。这一问题已由第二医大学药学院乔传卓教授等揭开迷底，他们经过多处的研究发现，由于多年的栽培，不同产地种子的互换，板蓝根也有近2/3无药理活性，徒有板蓝根之名，而无板蓝根之实；我国灵芝栽培也遇到同样的问题，这将严重影响我国人工灵芝产业的发展。
4，药理成分
灵芝的药理成分非常丰富，目前已分离的有数十种之多，主要有灵芝多糖、灵芝酸（三萜类）、腺苷、氨基酸、蛋白质、有机锗和微量元素等。人工培植灵芝由于其生长环境可科学控制，有效成分较野生灵芝稳定而且能在短时间内获得，但有机锗和微量元素往往不易产生甚至欠缺，这是其自有的缺点。为什么有千年灵芝可使人返老还童，起死回生之说呢，关键还是在于其药理成分的积累时效！
5,污染：
人工栽培最致命的一个缺点，那就是污染，特别是化学污染往往是人类各种疾病的源泉，为什么在工业区中往往致癌或白血病者多呢？无非就是环境的污染，人 工栽培不可避免的要用到农药与化学方法来培育菌种，比如栽培过程中要用到农药来控制病菌虫害的控制，说到农药这东西应该大家知道他的作用与害处了吧，蔬菜农药打多了，看上去菜很好，但有些人宁愿买有长虫的菜！在农业上有自然农耕之法，绝对的不用化学成分来种植，完全是靠大自然的生物链来解决整个过程，即为天然食品