目前，我国卫生部颁布的食品微生物指标有菌落总数、大肠菌群和致病菌3项。
菌落总数是指食品检样在严格规定的条件下（样品处理、培养基及其pH值、培养温度与时间、计数方法等）培养后，单位重量(g)、容积(mL)或表面积(cm2)上，所生成的细菌菌落总数。
大肠菌群
肠杆菌科的埃希氏菌属，柠檬酸杆菌属，肠杆菌属和克雷伯菌属统称为大肠菌群 。它们均来自人或温血动物肠道，不形成芽孢，在35－37℃条件下发酵乳糖产酸产气的革兰氏阴性杆菌。这些细菌是寄居于人及温血动物肠道内的常居菌，它随着大便排出体外。食品中如果大肠菌群数越多，说明食品受粪便污染的程度越大。故以大肠菌群作为粪便污染食品的卫生指标来评价食品的质量，具有广泛的意义。
致病菌
致病菌即能够引起人们发病的细菌。大肠菌群检验呈阳性，并怀疑食品可能受到致病菌污染时可进行致病菌检验。在我国现有的国家标准中，致病菌一般指“肠道致病菌和致病性球菌”，主要包括沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、致病性链球菌等四种，致病菌不允许在食品中检出。
对不同的食品和不同的场合，应选择一定的参考菌群进行检验。如海产品以副溶血性弧菌作为参考菌群，蛋与蛋制品以沙门氏菌菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌等作为参考菌群，米、面类食品以蜡样芽孢杆菌、变形杆菌、霉菌等作为参考菌群，罐头食品以耐热性芽孢菌作为参考菌群等。
霉菌及其毒素
我国还没有制定出霉菌的具体指标，鉴于有很多霉菌能够产生毒素，引起食物中毒及其他疾病，故应该对产毒霉菌进行检验。如曲霉属的黄曲霉、寄生曲霉等，青霉属的橘青霉、岛青霉等，镰刀霉属的串珠镰刀霉、禾谷镰刀霉等。
其他指标
微生物指标还应包括病毒，如肝炎病毒、猪瘟病毒、鸡新城疫病毒、马芷克氏病毒、口蹄疫病毒、狂犬病病毒，猪水泡病毒等；另外，从食品检验的角度考虑，寄生虫也被很多学者列为微生物检验的指标，如旋毛虫、囊尾蚴、猪肉孢子虫、蛔虫、肺吸虫、弓形体、螨、姜片吸虫、中华分枝睾吸虫等。
美国开展的食品微生物检验项目主要包括：需氧菌平板计数、粪大肠菌群、大肠埃希氏菌、凝固酶阳性葡萄球菌、沙门氏菌、霍乱弧菌、副溶血性弧菌、单核细胞增生李斯特氏菌、创伤弧菌、肉毒梭菌、麻痹性贝类毒素、神经性贝类毒素、遗忘性贝类毒素以及组胺等。