选择新风系统关键是看内在的机芯，市场上一般分为三种材质，纸质、铝质和树脂。最好选用符合以下要求机芯：首先是可冲洗，可反复使用，如铝或塑料等材料。其次是热回收效率要高，节约能源，同时也能很好的降低使用成本，如高分子树脂机芯。最后还要选择一个可靠的大品牌，如市场上现有的森德康舒Comfoair新风系统、法国兰舍新风系统等，就是图一个放心。
纸质机芯：纸质机芯的优势是成本低廉，受日系品牌和一些国内品牌产品的青睐。然而由于纸质材质其自身的缺陷，在湿度较大的环境中使用，受潮后变形、变质、发霉、滋生细菌，并且无法清洗。
铝质机芯：铝制机芯基本上解决了纸质机芯的缺陷和诸多危害问题，它坚固耐用、不易变形、可以用水冲洗、消毒，使用时间久长等，但其缺陷是湿度无法交换，降低了热交换效率，而且成本较大，价格偏高。主要运用于欧美国家。
高分子树脂机芯：主要代表品牌为森德康舒新风系统所采用的机芯“康舒膜”。森德康舒膜是一种从加拿大进口的能够让湿蒸汽透过的树脂薄膜（特殊的高分子合成薄膜），它不仅克服了传统的纸机芯易长霉菌、不能冲洗和寿命短的缺点，彻底消除了全热机芯的卫生死角，同时也解决了铝质机芯热交换效率低的缺陷。全热回收效率可达78%，湿度回收可达65%，冬天新风能获得预加热，提高进风的舒适度，夏天新风能获得预冷却，降低制冷能耗。
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