自古以来，佛制品多为檀木所制，佛珠、经书、护身符等，多不甚数。传说很久以前，印度就风行以栴檀木雕刻佛像。在《不空羂索陀罗尼经》中记载观世音菩萨像之造法:“或用木作，亦以白檀，或紫檀香、檀木、天木。”白檀同时也是五香之一，是密教修法时常用的供品。
青檀、紫檀、黑檀、白檀，每个颜色做成的佛珠代表的意义各不相同，集齐所有颜色的檀木佛珠为最好。
黑檀色泽乌黑，质地紧密，香味淡雅悠长，用以装饰尽显庄严，再加上佛教更认为檀木有驱邪避邪之效用，给这种自然之中本就罕有的树木笼上更厚实的神秘面纱。
经常用来制作念珠的主要有红旃檀和白旃檀木。白旃檀也就是白檀香木，由于在佛教中将白旃檀香作为供佛的上品香料和造像用料，所以用白檀香木制作的念珠其意义也非常的深广。而且白檀香木还可以入药，有理气化淤祛除污秽等的功效，其香气还有助于修行之人平静心绪，使之容易进入安定的状态。
紫檀，在这一大类的念珠当中，紫檀木应当是最高贵的材料了。