黄岩岛四周为距水面0.5米到3米之间的环形礁盘，礁盘周缘长55公里，面积150平方公里，礁盘外形呈等腰直角三角形，其内部形成一个面积为130平方公里、水深为10~20米的潟湖。黄岩岛发育在3500米深的海盆上，是深海平原上的一座巨大的海底山峰露出水面的部分。黄岩岛潟湖东南端有一个宽400米的通道与外海相连，这条水道水深9~11米，宽360~400米，环礁四周有星罗棋布的礁块露出，礁块表面大小一般为1—4平方米。以北、南两端的礁块最为密集，北端者称为北岩，南端者称为南岩。南岩是在礁盘上露出海面的巨大的礁石之一，形似大石柱，上部面积约3平方米，海拔1.8米。
站在岛上环顾四周，礁盘许多地方水深仅一、两米，好像是个浅滩。但是如果从海里看， 南中国海地图黄岩岛位置图黄岩岛却是一座陡峭的高山。只要离开礁盘十公里，就是3000米的深海。