严格来说，两者都有既定的功能，加热和烘烤是两种不同的食物做法。微波炉和烤箱最大的区别就是它们的加热原理不一样：微波炉是高频微波激发食物内的水分子产生高频谐振，利用水分子的振动摩擦产生的热量加热食物，是在食物的内外同时的，加热由内到外；烤箱加热属于外部常规加热，由表及里，时间稍长些，也可能出现外面过火的现象。
另外，很多模具都是金属做成的。金属器物是不能够放在微波炉里加热的，但是在烤箱里完全不存在这个问题。还有一点，食材放入烤箱内，至少可以保证它被均匀烘焙，不大会出现半生不熟的情况。所以建议还是分开各用。
而且，微波炉虽然有烧烤功能，但其温度与稳定性都比不上烤箱的，如果是烤一些体积小的东西，例如鸡翅、小蛋糕之类的可以，大个的成品差异很大。
所以，在使用微波炉或者烤箱时，尽量保证让它们“各司其职”。