依照排水系统，马桶的冲水方式分为冲落式、虹吸式。冲落式是依靠有效水量以最快速度、最大流量，封盖污物并排出。此功能还得取决于自家的楼层管道设计，如果没有设置水封，选择冲落式马桶则不容易防臭。虹吸是指在大气压的情况下，迅速形成液体高度差，使液体从受压力大的高水位流向压力小的低水位，并充满污管边产生虹吸现象，直到液体全部排出冲入空气中。虹吸形成越早，作用形成越迅速，有效水量流失的就越少，虹吸作用持续的时间越长排污功能越好，就越节水。
依照水箱与底座的连接方式，可分为连体、分体两种，连体式是水箱与底座相连，其造型美观，而且坚固，适合较小的卫生间。分体式是水箱与底座分开，其体积较大（占有的空间大），且不容易靠墙，安装不妥当，容易导致漏水。
总体来说，连体虹吸式马桶好用。