抽水马桶由以下主要部分组成：进水管、出水管、渗水管、水塞（进水和出水）、浮球、放水旋钮及杠杆、补水机关、水箱、便池（便池有连通水箱的弯管）。
以下为抽水马桶的工作原理：
利用放水旋钮和水塞控制放水和储水，使用时，旋转放水旋钮，利用连接水塞的金属绳或者是尼龙绳拉起水塞，水塞向上拔出出水管端口，出水管将水放进便池利用水的重力和由势能转化成的动能将排泄脏物冲入下水管道，同时随着水位的下降到一定的水位时，由于水的重力产生的负压力将水塞重新压入出水管的端口，堵住出水口，这时候水就不再放出而开始新的储水阶段；水位下降冲洗便池的同时，浮球连同杠杆由于水位下降由于浮球的重力带动杠杆即打开补水机关开始同步补水；补水阶段利用浮球的浮力和杠杆来控制水箱的补水，浮球下降到最低位置的时候刚好水塞被负压压进出水管管口，水箱开始储水；进水管连接自来水管负责水源的输入，补水达到一定的高度时候水的浮力将浮球顶起联动杠杆关闭上水机关停止补水。
当进水管因故障而漏水时（如：进水塞不能堵住进水口或进水管破裂），水箱内水面会不断升高，最终将溢出水箱。而渗水管的设置就解决了这个问题。当水面升高至渗水管口时，水就会从渗水管流入马桶内，不会使水漫过水箱。而进水管正常工作时，水箱内水面不会达到渗水管口处，所以也就不用担心水会流走。