1、南红玛瑙的主要成分是二氧化硅，通常形状都是不规则的块状，南红玛瑙的表面分布着天然形成的带状纹理。红珊瑚是微晶方解集合体，含有一定的有机物，它的形状为树枝状，表面分布着多种不同的条纹纹理，红珊瑚的截面多为同心圆状或放射状，并且每个截面的纹理都不一样。这就是南红玛瑙与红珊瑚的本质区别。
2、由于南红玛瑙与红珊瑚的组成成分不同，硬度上的差异也很明显。南红玛瑙硬度在摩氏7左右，而红珊瑚只有摩氏4左右，所以从硬度方面很容易将两者区分开来。两者在透明度和光泽上也有着不同，相比南红玛瑙的半透明或不透明，红珊瑚更不透明，它的玻璃光泽却很明显。
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