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压力的形成和阻力的影响是主因。
虹吸现象由液态分子间引力与位差能形成。即应用水柱压力差，使水上升再流到低处。由于管口水面接受不同的大气压力，水会由压力大的一边流向压力小的一边，直到两边的大气压力相等，容器内的水面变成相等高度，水就会中止活动。应用虹吸现象很快就可将容器内的水抽出。
虹吸式马桶工作原理：虹吸式是借冲洗水在座便器的排污管道(通常称为存水弯道)内充溢水后构成的虹吸现象，将污物排走。
由于使用时间增长，管道壁通常都会结成一层粗糙的污垢，冲便时迟滞而缓慢，这与光滑的管壁形成鲜明对比，感觉上失去了虹吸效果。
还有的虹吸管出现裂痕的情况，漏气抵消了一部分水柱压力差，虹吸效果大打折扣。
因此建议使用时注意定期使用强酸或除垢剂浸泡除垢，保持虹吸管路光滑流畅；在使用管道疏通机械时，提醒工人柔和操作，避免碰伤马桶，平时注意避免倾倒冷热温差对比太大的水进入马桶，以免炸裂漏气。