(一)提出改造意向
由旧厂房用地权属人持权属文件和地块改造意向向市“三旧”改造办提出改造意向。
(二)批复改造方案编制指引
市“三旧”改造办根据“三旧”改造规划指引、“三旧”改造规划和年度计划，土地利用总体规划、城乡规划，结合权属人意向，向权属人批复改造方案编制指引，明确改造规划范围及规划要求。
(三)编制和上报改造方案
由权属人会同区政府或市土地开发中心，根据市“三旧”改造办批复的改造方案规划指引编制改造方案，报市“三旧”改造办审批。改造方案应包括以下内容:
1、现状核查情况:区(县)国土房管部门和当地政府出具书面证明的土地和建筑性质、权属情况以及土地利用现状等情况;现行城乡规划情况。
2、改造规划方案:应达到修建性详细规划深度;同时明确改造规划范围中全面改造范围、具体改造地块的界址坐标、用地规模、主要用途、容积率、建筑密度、绿地率、停车泊位、基础设施、公共服务设施配套、历史工业遗产保护、开发模式等规划内容，以及具体地块的交通出入口方位、建筑后退红线距离等规划控制要求;涉及控规更改或调整的，应编制控规更改或调整专章;属于临时使用的，所编制的临时使用改造规划方案也应达到修建性详细规划的深度。
3、涉及需要提供资金筹措和资金运作方案的，需要编制上报资金筹措和资金运作方案;
4、改造计划和实施步骤;
5、现状历史资料:图片、影像，涉及需要完善历史用地手续的，附上未完善用地手续的核查表(包含具体范围和面积)、征地补偿协议及兑现凭证、落实违法用地查处情况。
(四)批复改造方案。
由市“三旧”改造办根据市旧厂房改造规划指引或市“三旧”改造领导小组审议意见向申请人批复改造方案。
(五)实施改造方案
经市“三旧”改造办批复同意的处置方式包括如下三种:
方式一:补交地价、自行改造;
方式二:纳入储备、给予补偿;
方式三:改变用途、临时使用。
1、以第一种方式即补交地价、自行改造方式处置的，按下列程序组织实施:
(1)完善历史用地手续。需要完善历史用地手续的，由市“三旧”改造办逐级呈报省政府审批同意后，按以下程序实施。
(2)申办建设用地规划许可。由权属人持市“三旧”改造办改造规划及相关批复意见向规划部门申办用地规划许可手续。需要报审修建性详细规划的，应由权属人依据市“三旧”改造办批复的改造方案和批复文件，编制修建性详细规划送审。
(3)补办出让和申领建设用地批准书。由权属人持市“三旧”改造办批复意见和建设用地规划许可证向市国土房管局申办补办出让和申领建设用地批准书手续。
(4)申领建设工程规划许可证。权属人向规划部门申领建设工程规划许可证。
(5)报建施工。由建设主体持建设工程规划许可证向建设部门办理报建施工手续。
(6)确权登记发证。由权属人持权属文件、市“三旧”改造办批复意见、竣工验收文件等向市国土房管局申请办理确权登记手续。
2、以第二种方式即纳入储备、给予补偿方式处置的，实施程序如下:
(1)属于公开出让情形的实施程序如下:
①完善历史用地手续:需要完善历史用地手续的，由权属人将需完善用地手续情况核查表(包含具体范围和面积)、征地补偿协议及兑现凭证、落实违法用地查处情况取得区(县)国土房管部门和当地政府书面证明后，报市“三旧”改造办逐级呈报省政府审批。
②纳入年度储备计划和出让计划。由市“三旧”改造办审定后同时转送市土地开发中心和市国土房管局纳入年度储备计划和出让计划。
③申领规划条件。由市土地开发中心向规划部门申领规划条件，规划部门根据市“三旧”改造办批复的改造方案和批复意见出具规划条件。
④签订交地协议、预支补偿款。纳入年度储备计划的，由权属人与市土地开发中心签订协议，约定补偿方式、土地整理、土地交付、权属证注销或者委托评估等相关事宜;按照《关于广州市旧厂房改造土地处置实施意见》预支补偿款。选择评估方式补偿的，双方应先委托评估。
⑤组织公开出让。由市“三旧”改造办会同市国土房管局评估出让底价、发布出让公告、组织公开出让、签订出让合同。
⑥收益支持。由市“三旧”改造办会同市国土房管局、市土地开发中心根据公开出让的成交价格，与已预支的补偿款抵扣后，拨付余款。
(2)属于公益征收情形的，实施程序如下:
①完善历史用地手续。需要完善历史用地手续的，由权属人将需完善用地手续情况核查表(包含具体范围和面积)、征地补偿协议及兑现凭证、落实违法用地查处情况取得区(县)国土房管部门和当地政府书面证明后，报市“三旧”改造办逐级呈报省政府审批。
②纳入收地计划。转送市国土房管局纳入收地计划。
③规划意见。市国土房管局向规划部门申请规划意见。规划部门依据市“三旧”改造办批复的改造方案和批复文件，出具意见。
④收地告知。由市国土房管局根据规划意见告知权属人收地事宜。
⑤选定补偿方式。由权属人按照《关于广州市旧厂房改造土地处置实施意见》的规定选定补偿方式。
⑥实施收地。由市国土房管局会市土地开发中心实施收地，支付补偿款。
3、经批准同意以第三种方式即改变用途、临时使用进行处置的，按以下程序实施:
①完善历史用地手续。需要完善历史用地手续的，由权属人将需完善用地手续情况核查表(包含具体范围和面积)、征地补偿协议及兑现凭证、落实违法用地查处情况取得区(县)国土房管部门和当地政府书面证明后，报市“三旧”改造办逐级呈报省政府审批。
②申办临时使用规划许可手续。由权属人持市“三旧”改造办批复的临时使用改造规划方案向规划部门申办临时使用规划许可手续。
③计收出让金。由权属人持市“三旧”改造办批复意见和规划部门临时使用规划许可批复意见向市国土房管局申请计收土地出让金。