第一，发丝鉴定（双折射）。发丝鉴定专门针对圆球状晶体：将水晶放在一根头发丝上，轻轻转动晶石，当转到某一方向时出现双影，即一根头发变两根，效果清晰明显，这是由天然水晶的晶体排列产生的双折射现象，假晶做不到。双影效果越明显，说明晶体质量越好，有些杂质过多的天然水晶可能双折不明显，或出现发丝扭曲、直线变断线等现象，这样的晶石质量就差一些。
第二，触摸法。水晶都是晶体，传热快，玻璃为非晶质，传热慢。所以手握水晶会感到冰凉入心，佩带一小会儿之后，便与体温同步；而玻璃则有温感。
第三，内含物观察。以20倍珠宝放大镜观察：水晶内常有天然融入的气液包含体、絮状物、共生矿物、冰裂、层裂等瑕疵，毫无瑕疵的晶体大多有问题。