1.瑕疵。天然水晶在形成过程中，通常经历了非常久远的年代，因此通常经历了地质灾害，所以内部通常有瑕疵的，如棉、冰裂等，除非极品的（非常稀少，价格昂贵）。而非天然的，内部就很通透。
2.温度。天然水晶传热慢，因此在常温25度下，水晶的感觉是凉的，而玻璃是温的。
3.色差。天然有色水晶有色差的。一个手链上不同珠子颜色通常有差异的，有时一个珠子上颜色也不均匀的。
另外，黄水晶要注意改色的状况。紫水晶和茶晶通过激光照射也可改为黄水晶。这类水晶颜色看起来不自然，远看有茶色调，近看又会有点发绿。
除非极品的，用于戒面的，会按克拉算，一般买黄水晶都按克差不多了。价格方面，根据成色（瑕疵多少，颜色如何）和产地有区别的。300左右能买条8毫米直径，十几克，成色一般的黄水晶手链了。