孔雀石绿是有毒的三苯甲烷类化学物，既是染料，也是杀菌剂，可致癌。它是带有金属光泽的绿色结晶体，可用作治理鱼类或鱼卵的寄生虫、真菌或细菌感染，对付真菌Saprolegnia特别有效，鱼场的鱼卵会感染这种真菌。孔雀石绿也常用作处理受寄生虫影响的淡水水产。
对脂鲤和鲶鱼等海产来说，孔雀石绿有高度毒性、高残留等副作用，故使用时，通常只下一半份量。
孔雀石绿中的化学功能团三苯甲烷可致癌，很多国家已经禁用，但仍有渔民在防治鱼类感染真菌时使用，也有运输商用作消毒，以延长鱼类在长途贩运中的存活时间。虽然于2002年5月中国农业部已将孔雀石绿列入《食品动物禁用的兽药及其化合物清单》，但于2005年8月，福建、江西及安徽等地出口的鳗鱼产品，被验出含有孔雀石绿，国家质检总局首次下令全面回收，数日后香港更发现多种淡水鱼含有孔雀石绿，中国因此禁止所有淡水鱼出口到香港。同年9月1日香港更于来自台湾的青斑海鱼样本中验出孔雀石绿。台湾渔业署对事件表示“讶异”，并表示会作出针对性检验。