首先要注意的一点是，若借款人在购买第一套房时，也是使用公积金贷款购买的，并且还未完贷款，则在购买第二套房屋时，就不能使用公积金贷款。若第一套房是用商业贷款买的，并且正在按揭中，则第二套房可以使用公积金贷款，首付等规定以第二套房计算，即首付最低50%，利率上浮10%。若第一套房的贷款已还清，无论是商业贷款还是公积金贷款，都可以用公积金贷款购买第二套房，相关规定自然也按照第二套来计算。
有些地方已经开始实施公积金贷款二套房首付最低两成的政策。为进一步完善住房公积金个人住房贷款政策，支持缴存职工合理住房需求，对拥有1套住房并已结清相应购房贷款的居民家庭，为改善居住条件再次申请住房公积金委托贷款购买住房的，最低首付款比例由30%降低至20%。所以大家在申请公积金贷款时，需要询问当地的管理中心，最低首付是多少，从而减少购房带来资金紧张的问题。