1.代扣代缴风险
住房公积金代扣代缴风险具体表现有：一是本月扣下月缴。单位在发放工资时将职工个人部分代扣，跨月将代扣代缴部分一并存入住房公积金专户。虽与《条例》不符，实际操作中被视为“正常缴存”，一旦单位发生财务危机，就有可能被挪用。二是扣了不缴。单位在代扣职工个人部分后，不进入住房公积金管理中心的住房公积金专户，由单位自行管理或交其他部门管理，甚至随意处理。三是少扣少缴或多扣少缴。部分单位不按照规定额度足额代扣，擅自降低缴存基数和比例。如有的单位缴存基数只限于岗位工资、津贴之和，没按统计局统计口径核定劳动报酬。有的单位足额扣取后少存入住房公积金专尸。四是只缴不扣，即只缴单位补助部分，不扣职工个人部分。一般发生在经济效益较好的单位。五是只扣不缴。这主要是行政事业单位住房公积金补助部分没纳入财政预算，使单位补助部分不能到位，只扣取了职工个人部分缴存。
产生这些问题的主要原因是：第一，住房公积金缴存工作在缴存单位没有专门机构，经办人员是兼职，所从事的业务较多，工作繁忙，无暇顾及。第二，经办人员责任心不强，对住房公积金缴存持无所谓的态度，甚至将本属于职工个人的住房公积金私存。第三，单位疏于管理，不及时检查和督促经办人员缴存住房公积金。第四，地方政府、单位和职工对住房公积金认识不足，没有从法制化建设的高度来认识公积金缴存的重要性，住房公积金管理中心没有加强对住房公积金缴存行为的检查，造成放任自流的局面。
2.委托收款风险
目前，大中城市住房公积金管理中心一般是委托银行或税务等相关部门代收住房公积金，从而使代收部门成为住房公积金归集主体，代收部门受种种因素的影响，将代收住房公积金不及时或跨月、跨年度存入住房公积金专户，由此就形成委托收款风险。其主要原因有：(1)代收部门缺乏专门的住房公积金操作机构和专职人员负责住房公积金缴存工作，只是相关部门的附属业务，不可能利用更多资源，配备足够的专门人员。 (2)住房公积金的缴存与代收部门工作人员没有直接的利益关系，缴存工作好坏没有与工作人员工资、待遇挂钩。(3)受托银行受自身利益驱动，为了保存款余额，压票、不及时进入住房公积金专户。(4)住房公积金管理中心与代收部门业务联系不紧密，不及时与代收部门对账，无法及时了解、发现缴存中的问题，导致资金被挪用。
3.个人账户管理风险
实际操作过程中，会发生该记入个人账户的资金没有计入或迟计入的风险。目前，职工个人账户管理有两种模式：大中城市一般由受托银行计入账，中小城市由住房公积金管理中心直接计入账。这两种方式都可能产生个人账户管理风险：(1)不在规定时间内上机，迟记入职工个人账户：(2)职工个人账户信息丢失，无法记入个人账户;(3)操作人员随意篡改个人账户信息;(4)操作人员工作疏忽或操作失误，上错、少上或“张冠李戴”，使个人账户信息与缴存清册不一致。
(二)支取风险
按照《条例》规定，办理提取职工住房公积金账户内的存储余额，除提取后应当注销公积金账户情况外，主要限于购买、建造、翻建、大修自住住房;偿还购房贷款本息;房租超出家庭工资收入5%的部分(限定于执行政府规定租金标准的公房和私房)。由于公积金贷款利息低，不买房就动不得，因此有不少精于理财的人着急要将公积金账户中的“死钱”，变成“活钱”。主要表现为：
1.套现。委托一些中介公司伪造装修或虚假房屋买卖，从而利用公积金贷款或支取的方式，从住房公积金管理中心骗贷或领取自己的公积金，后给中介手续费(服务费)。
2.骗现。一些不法分子采用不正当手段获取公积金缴存者的个人信息，并不惜伪造有关证明文件材料或找关系托人情骗取他人住房公积金。
(三)贷款风险
住房公积金贷款风险与银行贷款风险既有相同之处也有本质上的区别。相同之处在于，风险发生后都将造成贷款本金及应计利息的损失;不同之处在于，贷款所造成损失的终极所有权不同，银行贷款的所有权属于银行即放贷人，而住房公积金贷款的所有权属于全体住房公积金缴交人。
目前，公积金贷款风险防范的重要节点主要表现为如下形式：1，直接贷款和超标贷款。2.重复贷款。同一个贷款人，在不同地区或不同系统的住房公积金管理中心利用系统之间不联网、各系统之间信息不共享等漏洞，多次贷款的行为。 3.双方贷款。夫妻双方分别以各自的名义从不同的住房公积金管理中心取得贷款。4.“无保”贷款。贷出款项没有保证手续或保证手续不完整。 5.坏账贷款。贷款已到期，贷款人也能够找到并且也承认贷款事项，但贷款人却没有偿还能力。 6.“无主”贷款。贷款已经到期，但却找不到借款人，当然贷款时的“保证标的物”也无从变卖。7.“挪用”贷款。以购房、建房、大修房屋等名义取得贷款后，却将所贷之款挪作他用。日.无效抵押贷款。抵押物权属不明、抵押物的法律执行程度低、抵押物价值高估等，出现风险，依法拍卖抵押物成为一纸空文。9.逾期贷款。贷款到期后，贷款人有偿还能力却迟迟不还款或不按规定额度还款，导致贷款不能如期全额收回。
上述任何一种现象出现后，其共同的结果都是导致住房公积金管理中心所放出的贷款不能如期如数收回，使得广大住房公积金缴交户的利益被少数人非法占用甚至据为已有。
(四)国债风险
住房公积金国债风险是指住房公积金管理中心通过券商在交易所债券市场购买记账式国债，交予券商托管后被券商挪用质押，使得以住房公积金购买的国债不能按时兑现所造成住房公积金损失，这是防范的重要节点。造成住房公积金国债风险主要有以下几方面的原因。
1.缺乏国债方面的知识。国债是中央政府根据信用原则，以承担还本付息为前提而筹措资金的债务凭证，是信用级别最高的债券，但大都停留在以前个人购买凭证式国债的经验上。如今，国债的品种非常丰富，买卖方式也很多。国债本身没风险，但是买卖国债却会出现失误，发生风险。对买卖国债认识不足、准备不足，是导致住房公积金管理中心决策失误、操作失误，从而形成买卖国债风险的重要原因。
2.个别住房公积金管理中心负责人思想素养差，挡不住金钱的诱惑，与证券公司联手作案，带来国债风险。保定3亿元住房公积金失踪案、衡阳2.53亿元公积金国债被质押案的发生都与住房公积金管理中心负责人有关。
3.监督机制的缺失。《条例》规定，公积金购买国债需经管委会批准。在实际中，通常都由住房公积金管理中心根据实际情况再具体操作。有决策、有运作，唯独没有监督或监督形同虚设，完全依赖住房公积金管理中心负责人的道德自律。只有建立起有效的监督机制，住房公积金购买国债的风险才能得以规避。