公务员工资改革后公积金仍然处于存续状态。
公务员工资改革调整并不涉及到整个住房公积金制度的存废问题。住房公积金制度是由《住房公积金管理条例》所规定管理的，公务员工资调整所针对的是养老金“双轨制”的改革，与住房公积金无关。
公务员工资制度的改革是指归并简化现行基本工资结构， 将基本工资确定为职务工资和级别工资两部分，适当拉开不同职务的工资差距；强化工资级别与待遇挂钩；在清理整顿各地区、各部门、各单位自行建立的津贴、补贴的基础上，实施地区附加津贴；实行分类管理的工资制度，以适应公务员分类管理的需要；完善艰苦边远地区津贴制度和特殊岗位津贴制度。根据《公务员法》第七十三条规定，公务员实行国家统一的职务与级别相结合的工资制度。这一规定奠定了公务员工资制度的基本框架，为今后改革和完善公务员工资制度提供了法律依据。
公务员工资改革历程：
第一次改革。1956年6月16日，国务院通过了《关于工资改革的决定》，将政府工作人员的工资分为30级。同时为反映出各地生活成本差异，全国被分为11个工资区，第11类区工作人员工资比第1类区同级别人员工资高出30%。然而由于当时主流观念对于物质报酬持否定态度，此后的工资管理并没有完全按照上述“决定”进行，原定于1957年的工资升级也没有如期举行。
第二次改革。1985年，中共中央和国务院公布了《国家机关和事业单位工作人员工资制度改革方案》。这项被称为“结构工资制”的改革调整了1956年工资制度中不区分具体项目的做法，规定机关和事业单位人员工资由四部分组成。
第三次改革。1993年的《机关工作人员工资制度改革方案》明确提出，新工资制度要防止高定级别、高套职务工资等不良现象。与此同时，不再划分工资区，而是引入了地区津贴。地区津贴包括艰苦边远地区津贴和地区附加津贴。前者主要体现各地自然地理环境等差异；后者用于补偿机关工作人员在不同地区生活成本，地方政府可根据自有财力发放此类津贴。
第四次改革。2006年6月14日，《国务院关于改革公务员工资制度的通知》出台。文件在“改革的原则”部分强调，要有效调控地区工资差距，逐步将地区工资差距控制在合理的范围内。这次改革除了要求完善津补贴发放制度外，也对基本工资结构做了调整：基础工资和工龄工资不再保留，级别工资权重有所加大。
第五次改革。根据2013年2月国务院转发的《深化收入分配制度改革若干意见》工作任务，人力资源和社会保障部正在研究制定公务员薪酬体系改革方案。此次改革的重点是提高基层公务员待遇，有两个主要任务：一是规范公务员地区附加津贴制度；二是完善职务和职级并行的薪酬制度。新一轮公务员薪酬改革将延续兼顾效率与公平的导向，更加注重公平正义，而且注重从制度设计上来找出路。