用手去触摸水晶，天然水晶通常温度要比人造水晶的要凉的多；用眼观察，天然水晶通常有棉絮状的包裹体，这个是人造水晶所没有的。对于紫水晶黄水晶这样的单色水晶，通常要观察它的二色性，即使是最顶级的紫水晶黄水晶也是有色差的。
眼观法：天然的水晶一般都会有絮状，也就是大家俗称的瑕疵，这是液体水落石出和二氧化碳的小孔穴，而人工合成的水晶就不会有这样的特征。水晶是有成色等级之分，影响水晶价位的因素很多，不像钻石以4C就可以判定，所以大家要多听多看多比较才能真正辨别出来。一般的标准是水晶石越大越好，越透越好，颜色越娇嫩越好。