第一要从外形来判断。崖柏的根是扁的，其他柏树的根是圆的，因为崖柏的根是长在岩石的缝隙中的。崖柏的树和枝或弯曲旋转，或瘤，或枝杈很多。崖柏老料表面灰白色，没有白皮，里面全是红料，带白皮的料，白皮很薄一般两三毫米左右。崖柏开料后，里面黄红色，纹理细腻，百转千回，非常美观。崖柏密度比平常木材高，沉水，即使小料拿在手里也非常压手。
第二从崖柏的香味上来判断崖柏的真假，从医学角度来说，崖柏里面含有对人体有益的化学成分挥发油、黄酮类化合物、萜烯类和酚类化合物、有机酸、多糖、木脂素、鞣质、树脂、无机元素等，具有止血、镇咳祛痰、扩张支气管、抑菌、抗肿瘤、抗氧化等多种药理作用。故而真正崖柏的味道是一种浑厚的药香味，不刺鼻。而侧柏的味道则有一种酸酸的刺鼻的味道。真正的崖柏是没有酸味的。