第一、商住两用房不仅使其正常的生活因“商”而受到影响，而且包括物为公用部分的费作和维修费等都要与“商人们”平摊，这本身就是损害了业主的权益。商住混合对追求高舒适度的纯居住业主来主，会带来很多不安全和不安定的因素。第二，商住两用楼存在安全及消防隐患。在目前的消防管理法规及条例中，虽有关于商住楼的规定，但指的是传统意义上的“底部商业营业厅与住宅组成的高层建筑”，而非“既可居住又可用于办公”的商住两用楼。该消防标准规定，住宅只需设消火栓系统，商业营业厅和办公楼则还需按具体需要配置火灾自动报警系统和自动喷淋系统。从建筑装饰材料来说，办公楼的装修档次高，可燃物较多，电和天然气的用量较大，防火规范较住宅严格。因此，对于商住两用楼，如果开发商对其规划用途报建的是住宅，并按住宅消防标准审核，无疑是存在一定的消防隐患。第三，会给物业管理增加难度和成本，同时影响物业管理的品质，从面影响项目的品质，大幅降低住宅的居住质量以及安全感、舒适度。另外，纯住宅社区要做小区配套，如幼儿园、国际学校、双会所等，而如果做商住，就可以不做配套或少做配套。第四，选择新型“商住两用房”现在，市场上出现了新型“商住两用房”。它避免了传统的商与住混杂的格局，取而代之的是商与住各为独立脚点建筑体，彼此出入互不干扰，互不影响。商业用途的楼在消防方面尽量接近或等同于写字楼的标准，另外，彼此的电梯也是独立运行的。一些有“商”有“住”的社区，在租售方面以“整层”为单位进行。这样做，一方面写字楼给公寓业主提供超值服务，另一方面公寓业主也给写字楼提供了购买服务。